廣西、貴州苗地頻有流匪滋擾，舊時剿撫無方，朱由檢命魏忠賢調集“山南忠義軍”，由孫傳庭舊部整頓三萬人，采取“以商養兵、以兵護商”之策，自設“邊商通引司”，許少數部商互市換糧，用利馭勢，兼剿帶撫。

半年后，南疆大定，商路通暢，苗地開市，大明西南邊防穩若磐石。

與此同時，東南海貿改革亦已完成三輪制度調整。

廣州、泉州、寧波三大口岸設海貿三監，由禮部、工部、東廠三線并管，太子朱慈烺設洋器譯驗司，每年評審夷貨之實用度及輸入限額。

葡、荷、英、西諸國皆遣使通商，漸有水師商艦學我格制，甚至葡夷之船舶工匠，亦求于大明開設“學藝坊”。

朱由檢命令格物院設“造艦司”，效法西洋之法，結合華船結構，制“龍骨快航艦”，首批六艘列入福建水師，自東海至南海，所向披靡。

至天啟十九年（公元1649年），大明各項政務漸入正軌。

稅法簡化，商路暢達，西器普及，民間織造、茶磚、紙油出口大增；遼東三省屯田有成，邊民安居，苗疆肅清，西洋通貿。

三年之內，國庫盈銀六千萬兩，東廠奏稱“已非往年捉襟見肘，而為有備而用”。

是年除夕，朱由檢親設“承志宴”，宴請三輔六部諸臣、工匠代表、兵將百人于乾清宮前殿。

席中舉杯，道：“昔日朕登基之初，國政如韁，士民如繩，百官空論，倉廩空虛。今日，大明之業，士可為用，商可興國，農不受擾，兵有可恃，器有可仿，民有所安。此不止朕之功，而是諸公、列卿、百姓之合力也。”

眾臣齊聲拜賀。

太子朱慈烺上前奉觴，正色道：“父皇創業維艱，兒臣謹記在心。自今而后，大明天下，兒愿肩其重，繼其志，不辱社稷，不誤臣民。”

朱由檢朗聲而笑，道：“好一！朕今日，可放心矣。”