在大明各地水利建設如火如荼進行的同時，遵照朱由檢的指示，各府州縣城市治理也在全面展開。

朱由檢對后世每逢雨季時，很多城市就會出現不同程度內澇的情景印象深刻，對于因連續強降雨而導致城市居民人身和財產受到巨大損失也是痛心不已，現在這個世界既然自己手中握有掌控天下的權利，那就應該對此作出力所能及的改變。

雖然他對如何防止城市內澇一竅不通，但這并不妨礙他能拿出相應的對策來。

于是，在崇禎二十年時，內閣根據他的授意行文天下，要求各地官府上報所在地有效防范內澇的規劃和措施，朝廷會優中選優，根據各方上報的方案進行匯總，并形成最終的解決辦法。

在內閣行文發出后的半年內，各地官府陸陸續續五花八門的方案和措施報到京師，孫傳庭等內閣成員召集工部堂官及有司專業人士，在經過悉心篩選和商討后，挑出數套方案后入宮呈送至御前，供朱由檢御覽定奪。

君臣在昭仁殿專門就此事進行了會商。

內閣形成的文案中，首先將發生內澇的原因一一列舉了出來，其原因大致為以下幾點。

第一，經常發生內澇的城市都是建在低洼地以及滯洪區，因為地勢太低的緣故，每逢當地暴雨不斷，洪水向地處流動，所以城市很容易便會被淹。

而與之相反的是，地勢比較高的地區不容易形成積水。

例如蘇州、無錫等老城雖然是水鄉城市，但是因為老城都選擇地勢比較高的地區，所以不怎么容易形成積水。

其次，排水系統不完善，排水石槽、干溝、排水洞修建的太少，或者因缺少專業定期維護的原因而導致其發生堵塞淤積，導致積水無法迅速排出。

再次，城市中植被稀疏、水塘較少或根本沒有，無法儲存大量雨水，從而因“匯水”的現象形成大面積積水。

內閣在匯總各地官府上報本地相關措施時，對廣州府和贛州府上稟的情況產生了濃厚地興趣，孫傳庭特意將兩地官府的奏報呈送給朱由檢，并表示，內閣已對上述兩城的規劃進行了充分研究，準備在制訂城市防范內澇總體方案里予以借鑒。

據廣州府和贛州府上稟的情況來看，從地方志上來看，數百年來，兩城從未發生過規模較大的內澇，這一切都得益于前宋修建的相關設施。

例如廣州，為了有效防范城市內澇，數代主官都在這上面費盡苦心，在歷時十幾年后，終于將相關設施修繕完畢，從此，廣州城基本告別了內澇給千家萬戶帶來的不便和損失。

這些排水設施及配套工程主要是兩個方面組成。

一是興建了東西兩城，二是開挖了六條排水、防洪，兼可防火、通航的大水渠，即“六脈渠”。