陳奇瑜在鳳陽巡撫兼漕運總督的任上已近兩年，期間除卻正常職司以外，還多了項督管流賊戰俘疏浚運河淤塞河段的任務。

經過近兩年高強度的勞作，當初的五萬戰俘因病或者意外先后已經有五千余人死亡，死掉的這些人都被草草掩埋，連個墓碑也沒有。

戰俘們共清淤三百余里河段，大部分集中在運河淮安段，使得原本淤塞嚴重的這段河道變得通暢無比，幾百料的大船也能暢行無阻，不再用人工拉纖。

從河中清出的淤泥作為肥料，全都被運到運河兩岸的田地中肥田。

這些田地是朝廷從河南遷移過來的災民們新開墾出來的。來自南陽府和汝陽府諸多州縣的上百萬災民，在當地官吏的組織管理下，用了近兩年的時間，便在運河兩岸的荒地中開出了十多萬頃連片的新田。

朱由檢曾下旨，遷移過來的災民按人頭每人給與十畝口分田，這些田地是免租賦的；除卻口分田之外，每家另外新墾田地皆按十二繳納租賦，此舉使得災民們的開荒的熱情高漲。

為了讓災民們渡過荒年，陳奇瑜奉旨每隔三十里修建一處大型糧倉，截留百萬石漕糧儲存起來，然后將每人每日所需糧米、食鹽、干菜發放到災民手中，以保證他們有足夠的體力能支撐每天的勞作。

幸運的是北地連年的大旱尚未波及到江南一帶，浙江、湖廣、南直隸的糧食產量未收到大的影響，漕糧征收還算順利，這些大型糧倉并未空置，災民們的口糧供應有了保證。

陳奇瑜現在大部分精力都用在了安置新遷災民、協調他們與當地官府百姓產生的矛盾上面，更多的擔負起了鳳陽巡撫的民事職責。他將河道清淤和漕運職事，分別交給了衙門中的工部主事和戶部兼兌官來操辦；自己則帶著兩名本家兄弟以及一眾親隨，往來巡視災民屯墾的有關事宜，以便安定災民之心，防止因百姓之間的沖突而引發的民亂事件。

陳奇瑜對漕運職事根本不感興趣。他知道漕運衙門離開他也會照常運轉，而且也不會有什么惹眼的功勞。而今上更看重的是災民安置是否妥當，只要在這件事上做出一番政績，那很容易能吸引到皇帝的關注和欣賞。

過百萬的災民遷移是個浩大而繁重的工程。雖然朱由檢也自內帑撥出巨款用于災民的安置費用，但具體到每一件事情上就需要耗費大量的人力物力以及規劃和組織，包括勘察地形、合理修建住所、根據荒地安排多少人為一村落等等繁雜瑣碎的工作。

此次遷移災民雖然眾多，但安置的算是比較合理，并未出現大的疏漏，這主要得益于與災民隨遷而來的河南地方官吏的協助，而朝廷派出的巡察御史以及大量錦衣衛的監督也是功不可沒。

沒錯，不光河南幾個府州縣的災民遠遷，那些地方官吏們也大都跟隨前來。

受災當地除了少數士紳大戶和一些尚能自足的的自耕農以外，其余沒有著落的百姓幾乎全部被搬遷至運河淮安段。南陽等地除了主官以及少數官吏留守以外，剩余的則作為組織者帶領災民來到了朝廷指定的地點。有了這些熟悉民情的官吏協助，這次大規模、分批次移民才得以比較順利的完成。

當然了，牽扯到如此多人口的移動，期間發生的種種事端也是紛繁復雜的，陳奇瑜在奏本中也只是簡略一提。