朱載j認為對于蒙古人，要利用好宗教這個武器，用宗教和經濟手段對于喀爾喀部、衛拉特部予以拉攏，統治，當然，軍事手段也是必不可少的，對于蒙古諸部，大明必須要展示自己強大的武力，在官軍的武力支持下推動這些政策。不過武力手段的作用相對降低，而宗教和經濟手段的作用相對上升，這點是朝廷經略蒙古的原則。

朱載j認為，打服蒙古是第一步，武力威懾自然是需要的，但是在武力威懾之后，經濟和宗教等手段也應該立即跟上，同時加強對于這些地區的管理，朱載j要求將辦事大臣制度化，在外邊以及藩籬屬夷地區，都要設立相應的辦事大臣，加強朝廷對于這些地方的管理，尤其是外交和邊防，是辦事大臣主要要關注的事情。

現在朝廷所設立的云中辦事大臣，就是為了加強對于土默特部的管轄，而朱載j所要求設立的科布多辦事大臣，則是要鞏固大明的西北邊疆，加強對于衛拉特部的管理，現在的情況是杜爾伯特部游牧于額爾齊斯河、鄂畢河上游和阿爾泰山西麓地區；準噶爾部游牧于巴爾喀什湖南部、伊犁河流域；土爾扈特部游牧于額爾齊斯河上游、齋桑泊以南和天山北路塔爾巴哈臺地區；和碩特部原游牧于烏魯木齊一帶，現在已經北遷。

朱載j認為，衛拉特部日后的住牧地主要是在現在土爾扈特、杜爾伯特等部的住牧地，守衛額爾齊斯河、巴爾喀什湖和阿爾泰山等地，成為大明西部和西北藩籬，同時這些蒙古人也要成為大明抵御回教滲透的堡壘，朱載j對于回教一向是極為防范的，現在回教在西域傳播，使得朱載j認為必須要采取措施了，所以朱載j準備支持格魯派，同時利用格魯派加強對于蒙古的控制，抵御回教的滲透。

朱載j認為，要將烏斯藏和蒙古統一經略，這樣才能夠加強朝廷對于西部邊疆的控制，之前索南加措就曾經上疏朱載j，陳奏過現在格魯派的困境，雖然格魯派現在的發展是很快的，格魯派在烏斯藏地區得到迅速傳播，特別是格魯派建立其所屬寺院之后，教派規模逐漸形成龐大的寺院集團，其勢力也不再局限于烏斯藏地區，而已遠及阿里、青海等地。格魯派的急速發展引起了噶瑪噶舉派和藏巴汗的仇視，現在烏斯藏內部的斗爭也是極為激烈的，后藏貴族支持的紅帽噶瑪派與經過巧妙策劃聯合貴族訂立聯盟的黃帽格魯派之間的對抗。

為了消滅格魯派，藏巴汗與噶瑪噶舉派聯合康區的白利土司等結成反格魯派聯盟，共同對付格魯派，使格魯派陷入極大的困境之中。所以格魯派希望大明對于格魯派予以支持，這點朱載j是認同的，朱載j一向支持格魯派，利用格魯派的傳播加強大明對于這些邊疆地區的控制，以護持佛法之名，行籠絡人心之實，將宗教權威與皇權結合在一起。這是朱載j之前一直想做的。

之前索南加措在世的時候，曾經向朱載j上疏，請求為朱載j上尊號為文殊菩薩大皇帝，但是被朱載j所拒絕了，主要是由于眾所周知的原因，朱載j的父親，也就是靈霄上清統雷元陽妙一飛玄真君、九天弘教普濟生靈掌陰陽功過大道思仁紫極仙翁一陽真人元虛玄應開化伏魔忠孝帝君、天上大羅天仙紫極長生圣智昭靈統元證應玉虛總掌五雷大真人玄都境萬壽帝君由于崇信道教，對于佛教一向是采取打擊的態度。