另一方面則是察哈爾部被右翼部族聯軍同明軍聯手擊敗，明人又繼續在經濟上封鎖察哈爾部據有的歸化城的話，察哈爾部不僅沒有達到西遷的目的，遠離戰火，休養生息。還需要同時面對后金、蒙古右翼各部和明人的敵對，這顯然比在遼東時更為不利。

反倒是遷往了青海之后，察哈爾部還能通過藏巴汗的關系獲得一些物資上的支援。現任的藏巴汗噶瑪丹迥旺波，為了抵抗格魯派同衛特拉蒙古的聯盟，已經數次派人同林丹汗進行了接觸，試圖和他結盟共同反對黃教。

黃教，也就是格魯派早在萬歷六年就同土默特俺答汗在西海之畔的仰華寺結成了神圣同盟。俺答汗尊索南嘉措為圣識一切瓦齊爾達喇達來**，而索南嘉措則稱俺答汗為忽必烈的化身，以忽必烈的尊號贈俺答汗。

因為有著這層關系，所以漠南蒙古右翼和左翼三萬戶信奉黃教的部眾極多，而四世達來云丹嘉措就是俺答汗之曾孫。

林丹汗是布延徹辰汗的長孫，而布延徹辰汗就是被俺答汗所逼迫，被迫遷往遼東的蒙古各部宗主察哈爾部的首領。

也就是說，林丹汗如果承認了黃教，無疑就是等于認同了俺答汗同黃教的神圣同盟，認可了俺答汗是忽必烈的化身，土默特部便享有了同察哈爾部相等的地位，這對于林丹汗來說是不可接受的存在。

因此藏巴汗噶瑪丹迥旺波提出的反黃教同盟建議，自然也就迅速打動了林丹汗。但是格魯派在漠南蒙古中的勢力實在是太過強大，即便是此前林丹汗在沙爾呼圖克圖的勸說，改宗信奉紅教，也沒能對漠南蒙古各部的黃教信仰造成多少打擊，反而使得信奉黃教的蒙古各部對他產生了不滿。

林丹汗并不認為這是自己突然改宗的問題，反而覺得這是同俺答汗結好的黃教僧侶對自己的**行動，因此對于黃教就更為深惡痛絕了。

不過鑒于黃教勢力在漠南蒙古各部的盛行，林丹汗也不敢輕舉妄動，公開對黃教勢力進行打壓。他自己是傾向于留在土默特川進行休養生息的主張的，畢竟河套地區乃是漠南蒙古最為中心的根據地，只有掌握了這里才可以真正擁有統一蒙古各部的人力、物力和號召力。

失去了河套地區的蒙古部族，很難讓人信服是蒙古各部的宗主。就如同當年把察哈爾部趕去遼東之后，土默特部就成為了事實上的蒙古宗主部族。漠南蒙古和漠北蒙古各部都遵從于俺答汗的命令，而不再是拿著蒙元傳國玉璽，證明自己是蒙古最高統治者的徹辰汗。

但是對陣蒙古右翼聯軍和明軍的失敗，和明人對于歸化城的封鎖，加上這兩年歸化地區流行的天花等疫病，使得林丹汗也對繼續留在歸化有些遲疑不決。

不過就在林丹汗認真考慮，是否要西遷青海，先擊潰西藏的黃教勢力，從而取得對于蒙古各部部眾信仰的控制權力時，擊敗了察哈爾部的明人卻派人向他們談論議和的事情。

在戰爭中取得了勝利的明人表示愿意繼續支付察哈爾部的市賞，暫時也不會要求他們退回遼東去，但是要求察哈爾部同右翼各部休戰，各自劃定放牧區域等等條件。雖然對比起之前林丹汗要求接收右翼各部的市賞條件要差上一些，但是卻總算可以讓他有足夠的財物用來犒賞部眾了。

簽訂了和約之后，明人不僅主動提出了愿意繼續租借土地進行耕種，并繼續在歸化城進行貿易，而且還雇傭了不少察哈爾部的人員運輸貨物前往漠北和林中地區進行貿易，另外還派出了大夫在蒙古各部中傳授了避天花的法子。

在明人的幫助之下，察哈爾部總算是在土默特川站住了腳步，也恢復了一些西遷時損失的元氣。林丹汗雖然覺得明人的態度有些軟弱，但是他也不會在這個時候去破壞同明人的關系，只要有個三到五年時間的發展，他認為就算是明人同右翼各部再聯手，也無法把察哈爾部從歸化城驅逐出去了。

然而他的好消息還不止這些，察哈爾部在歸化城的日子正蒸蒸日上的時候，后金的軍隊終于不再咬著他不放了，轉而繞道去攻擊明國的關內地區去了。

明人隨即派出了使者向他求援，請求他派人去抄截這只軍隊的后路，并承諾俘獲的蒙古人口均歸于察哈爾部。但是林丹汗卻有些遲疑了起來，老實說他現在真不想去招惹那些女真人。而且明人同后金打個你死我活，倒是能夠給他更多的時間用來休養生息，因此他借故晾了那位大明使者幾日。